读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

所属分类: 脚本专栏 / python 阅读数: 1445
收藏 0 赞 0 分享

读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像。

import matplotlib
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
file = '' #你的nii或者nii.gz文件路径
img = nib.load(file) 
 
print(img)
print(img.header['db_name']) #输出nii的头文件
width, height, queue = img.dataobj.shape
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
 
num = 1
for i in range(0, queue, 10):
 img_arr = img.dataobj[:,:,i]
 plt.subplot(5,4,num)
 plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
 num += 1
 
plt.show()

补充知识:SimpleITK读取医学图像 .nii 数据(2D显示)

【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK

nii文件是NIFTI格式的文件,出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format,但是这个图像格式缺少一些信息,比如没有方向信息,病人的左右方位等,如果需要包括额外的信息,就需要一个额外的文件,比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。

因此,解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式

import SimpleITK as sitk
import skimage.io as io

def read_img(path):
 img = sitk.ReadImage(path)
 data = sitk.GetArrayFromImage(img)
 return data
#显示一个系列图
def show_img(data):
 for i in range(data.shape[0]):
  io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')
  print(i)
  io.show()
 
#单张显示
def show_img(ori_img):
 io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray')
 io.show()

#window下的文件夹路径 
path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz'
data = read_img(path)
show_img(data)

img = sitk.ReadImage(path)
#查看图片深度
print(img.GetDepth())
#144 共144张图
#查看Size
print(img.GetSize())
#(512,512,144) 像素:512*512, 144张图片

更多的函数自己去发现

以上这篇读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持脚本之家。

更多精彩内容其他人还在看

pandas的qcut()方法详解

这篇文章主要介绍了pandas的qcut()方法详解,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

从列表或字典创建Pandas的DataFrame对象的方法

这篇文章主要介绍了从列表或字典创建Pandas的DataFrame对象的方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

pandas.DataFrame的pivot()和unstack()实现行转列

这篇文章主要介绍了pandas.DataFrame的pivot()和unstack()实现行转列,小编觉得挺不错的,现在分享给大家,也给大家做个参考。一起跟随小编过来看看吧
收藏 0 赞 0 分享

pandas中的series数据类型详解

这篇文章主要介绍了pandas中的series数据类型详解,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

pandas 时间格式转换的实现

这篇文章主要介绍了pandas 时间格式转换的实现,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

python中时间、日期、时间戳的转换的实现方法

这篇文章主要介绍了python中时间、日期、时间戳的转换的实现方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

pandas进行时间数据的转换和计算时间差并提取年月日

这篇文章主要介绍了pandas进行时间数据的转换和计算时间差并提取年月日,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

详解将Pandas中的DataFrame类型转换成Numpy中array类型的三种方法

这篇文章主要介绍了详解将Pandas中的DataFrame类型转换成Numpy中array类型的三种方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
收藏 0 赞 0 分享

python和c语言的主要区别总结

在本篇文章里小编给各位整理了关于python和c语言的主要区别的相关知识帖内容,有需要的朋友们学习阅读下。
收藏 0 赞 0 分享

选择Python写网络爬虫的优势和理由

在本篇文章里小编给各位整理了一篇关于选择Python写网络爬虫的优势和理由以及相关代码实例,有兴趣的朋友们阅读下吧。
收藏 0 赞 0 分享
查看更多