perl生成特定碱基比例的随机序列的代码

所属分类: 脚本专栏 / perl 阅读数: 1475
收藏 0 赞 0 分享

方法一(不使用模块,by agonyr)

复制代码 代码如下:

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );
my $length = 10000;

undef my %hash;
$hash{"A"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"C"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"G"} = int( $length * 0.2 );
$hash{"T"} = int( $length * 0.2 );

my $i = 0;
while ( $i 《 $length ) {
    my $word = $seq[ rand(@seq) ];
    if ( $hash{$word} ) {
        print "$word";
        $i++;
    }
    $hash{$word}--;
}
print "n";

方法二(使用模块,by yixf)

复制代码 代码如下:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use BioX::SeqUtils::RandomSequence;

my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-》new(
    {
        l =》 10000,
        s =》 1,
        y =》 "dna",
        a =》 3,
        c =》 3,
        g =》 2,
        t =》 2
    }
);
print $randomizer-》rand_seq(), "n";

两种方法比较

设定长度为10000,ACGT的比例为3:3:2:2。

复制代码 代码如下:

withoutModule Length=10000 GC=49.42% A=2558,C=2503,G=2439,T=2500,Others=0
withModule Length=10000 GC=50.00% A=3000,C=3000,G=2000,T=2000,Others=0

更多精彩内容其他人还在看

Perl使用chdir的实例代码

Perl使用chdir的例子,供朋友们参考学习
收藏 0 赞 0 分享

perl特殊符号及默认的内部变量

perl特殊符号及默认的内部变量,有需要的朋友不妨参考下
收藏 0 赞 0 分享

perl中my与our的区别介绍

our 和 my 一样,都是对变量的声明,不过 our 声明的是包全局变量,而 my 声明的是词法变量
收藏 0 赞 0 分享

在vim中添加perl注释时无法对齐问题的解决方法

在使用vim编辑perl脚本时,每当输入#号时,#号都会跑到行首问题,需要的朋友可以参考下
收藏 0 赞 0 分享

perl 文件操作总结

perl 文件操作总结,需要的朋友可以参考下
收藏 0 赞 0 分享

Perl的经典用法分享

Perl的经典用法分享,学习perl的朋友可以参考下
收藏 0 赞 0 分享

perl文件操作的一些例子分享

有关perl文件操作的一些例子,供大家学习参考
收藏 0 赞 0 分享

perl 中的or与||的区别

or比||优先级低,除此之外,两者无区别
收藏 0 赞 0 分享

Perl中use和require用法对比分析

Perl 中的use和require,都是用来加载和引用Perl的模块,或者是子程序,区别在于Perl use是在当前默认的里面去寻找,一旦模块不在指定的区域内的化,用Perl use是不可以引入的
收藏 0 赞 0 分享

Perl合并文本的一段实例代码

Perl合并文本的一段实例代码,需要的朋友可以参考下
收藏 0 赞 0 分享
查看更多